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目前我國在自主創(chuàng)新方面還存在著不少問題，造成這些問題的原因在根本上都涉及體制與機制問題，需要下大力氣去突破這類障礙。

要深化科技管理體制改革。由政府驅動型轉化為企業(yè)驅動型技術創(chuàng)新體制，企業(yè)驅動型創(chuàng)新更具可持續(xù)性。由科技部門統(tǒng)管體制轉化為科技部門協(xié)調體制，將科技行政部門確定為科技創(chuàng)新的政策制定、資源使用過程監(jiān)督和驗收部門。實現(xiàn)研發(fā)模式的調整，盡快建立和完善以市場需求為導向的研發(fā)模式，使之成為主導研發(fā)模式。

繼續(xù)強化激勵自主創(chuàng)新的法制和政策環(huán)境。完善和落實有利于創(chuàng)新的財稅和金融政策體系；加強對知識產權的保護和有關立法支持，建立一個較為完整的包括知識產權創(chuàng)建、管理、保護和運用的體系。構建自主創(chuàng)新的利益激勵機制，加強政策引導，研究和探索技術作為生產要素獲取合理報酬的方式與手段。同時通過利益調整引導企業(yè)和個人技術創(chuàng)新的方向與社會需求發(fā)展相一致。

逐步建立健全科技成果轉化機制。要完善創(chuàng)新成果的評價體制和機制，立法由獨立的社會專業(yè)機構按照公開、公平和公正原則執(zhí)行科技成果評價和獎勵，由政府主管部門和公眾共同依法加強監(jiān)督；強化自主創(chuàng)新的導向機制，建立科研項目及其成果效益的公示制度，形成政府、社會和學術界多管齊下的監(jiān)督機制；建立和完善科技成果轉化的保險體系、服務體系；深化研發(fā)機構改革，探索產學研結合的新體制，分類重組科研機構，優(yōu)化科技資源配置。